【精品】生信技能-R 语言常见报错处理方法汇总-上篇

上篇 第一 下载安装

R软件4.0.5版本下载安装

生信操作-R软件3.6.3版本下载和安装

生信操作-R软件旧版本如何下载

R软件安装R包安装R包安装经常出错处理办法

R包安装以及Bioconductor的R包安装

R包安装BioconductorR包经常报错处理方法

R包安装报错，org.Hs.eg.db R包一直安装不上，BiocManager包安装不上

cytoscape软件导入数据报错如何处理

上篇 第二 运行

R语言下标出界解决方案 

就因为一个下标出界，弄了一天才找到解决方案。随手记录一下。做转录组和甲基化数据的时候遇到的。

总的来说一般是行名，列名的问题，一行行命令去找才可能找到错误。可以分为三类：

1、检测行名，列名是不是多了或少了。

2、检测行名，列名在R里面是不是拼写错误。比如data写成了date。

3、上一个包导出来的txt或者xls等有问题（我就是这个问题）。

试过的解决方案：把txt的内容复制到xls，这里可以选择性粘贴。再复制到新的txt。就可以解决了。

GitHub程序包安装失败

  gwasglue包-第一次尝试

#install.packages("devtools")

#devtools::install_github("mrcieu/gwasglue", force = TRUE)

  gwasglue包-第二次尝试

#install.packages("devtools")

#devtools::install_github("mrcieu/gwasglue")

  VariantAnnotation包-第一次尝试

#if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))

#    install.packages("BiocManager")

#BiocManager::install("VariantAnnotation")

  VariantAnnotation包-第二次尝试

#if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))

# install.packages("BiocManager")

#BiocManager::install("VariantAnnotation", force = TRUE)

  TwoSampleMR包-第一次尝试

#install.packages("remotes")

#remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")

  TwoSampleMR包-第二次尝试

#install.packages("remotes")

#remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR", force = TRUE)

GitHub安装R包失败的原因和解决方法

（1）出现网络连接不畅的问题，这可能是你频繁地从GitHub上获取数据，或者是GitHub网站那个时候不太稳定，亦或者是你的网络不畅导致的。这时候你先检查自己的网络看看，如果网通畅的话，可以过一会儿再安装亦或是手动安装。

（2）出现某个依赖包安装失败时（比如“MRIntruments“），可以先安装这个依赖包试试，逐步排查问题，在安装过程中不要随便更新其它R包！只有当一个R包不更新便无法导致安装时，再更新这个R包。

（3）如果更新一个R包失败的话，先关闭R环境，然后回到原来R包所在文件夹，手动删除该包后启动R重新安装。

上篇 第三 常用命令

R语言查看包安装路径

以ggplot2为例子, find.package('ggplot2')

R程序包安装的位置

C:/Users/WD/AppData/Local/R/win-library/4.2

查询R包安装位置-注意代码.前面有空格

 .libPaths()

运行结果一般有2个目录，第一个目录是当前用户的目录，当前用户有写入权限;第二个为系统级别的目录，对所有用户适用

结果：[1] "C:/Users/WD/AppData/Local/R/win-library/4.3" "C:/Program Files/R/R-4.3.1/library"     

指定R包安装位置/安装包默认储存位置

.libPaths("C:/Users/WD/AppData/Local/R/win-library/4.2")

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