【生信技能】纠正后的Perl脚本为什么运行出错？

明明找老板纠正了Perl脚本，为什么运行我的数据时就出错了呢？

小白请重复看10遍，严格按照要求操作！

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一、首先判断Perl软件安装是否成功、运行路径和运行命令？

1.如何判断Perl软件安装是否成功

（1）Perl软件必须安装在系统盘（C盘），软件安装路径绝对不能有中文和特殊符号，绝对不能有中文和特殊符号。

请使用win系统，不要用mac系统。

Perl官网：https://www.perl.org/

（2）命令提示符cmd界面输入perl -v

有提示软件版本信息(如：v5.30.0)就代表安装成功。

没有提示就重新安装。

5.30.0版本

5.32.1版本

2.运行路径

运行路径必须在系统盘（C盘），绝对不能有中文和特殊符号，绝对不能有中文和特殊符号。

3.运行命令

运行命令必须严格按照视频操作，一定要有后缀名(文件扩展名)，一定要有后缀名(也叫文件扩展名)。

视频要求运行命令为perl symbol.txt，而你的运行命令为perl symbol，这肯定不对的，请严格按照视频提供到运行命名进行运行脚本。

补充：如何显示后缀名(点我查看内容)

二、其次判断是不是Perl脚本的问题？

判断方法如下：

下载视频配套的数据，然后用老板提供的纠正的perl脚本运行测试，注意：一定要用视频配套的数据测试（不是你自己的数据），不要随意动数据格式。

情况一：如果视频配套的数据（不是你自己的数据）+纠正的perl脚本运行不正确，继续找老板纠错修改perl脚本。

情况二：如果视频配套的数据（不是你自己的数据）+纠正的perl脚本运行正确，那就证明了纠正后的perl脚本是没问题的。那就是你的数据（输入文件）问题，请继续往下看。

提醒：只有购买套餐二才有纠正的perl脚本，放在一个命名为《纠正后的脚本》的文件夹里面。

三、常见的数据问题有哪些？

1.输入文件漏缺，视频要求要准备2个输入文件，而你却准备了1个输入文件，或者准备了错误的输入文件，那肯定是运行出错。

2.文件命名不对，视频里面已经强调了很多次，一定要按照视频要求命名，请仔细看视频，多看几遍，每个细节都不要放过。视频要求的命名是A1bc.txt（注意大小写），那么你的数据命名就只能是A1bc.txt，不能是a1bc.txt、1bc.txt、abc.txt等。

3.你的数据不符合要求，比如数据要求第一列命名命名为GENE、GENE SYMBOL，那么你的数据第一列命名就要和配套的数据要求一样，你的数据第一列命名不能为gene（大小写要区分）、miRNA等。

4.你的数据里面出现了乱码或者特殊符号，比如数据要求只能是数字或者英文，那么就不能有中文、￥、@等特殊符号。还有要区分中英文的双引号。

温馨提醒：数据格式问题常见的处理方法：把txt的数据复制到excel，然后把excel的数据复制会原来的txt文件就行了。

总之，如果你处于小白阶段，请仔细看视频，多看几遍，每个细节都不要放过。