【生信知识】TCGA癌症类型简写术语中英文对照-样本命名规则和区分是否死亡

TCGA癌症类型简写中英文对照

ACC 腺样囊性癌ACC Adrenocortical carcinoma

BLCA 膀胱癌BLCA Bladder Urothelial Carcinoma

BRCA 乳腺癌BRCA Breast invasive carcinoma

CESC 宫颈鳞状细胞癌CESC Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma

CHOL 胆癌CHOL Cholangiocarcinoma

COAD 结肠癌COAD Colon adenocarcinoma

DLBC 淋巴癌DLBC Lymphoid Neoplasm Diffuse Large B-cell Lymphoma

ESCA 食管癌ESCA Esophageal carcinoma

GBM 多形成性胶质细胞瘤GBM Glioblastoma multiforme

LGG 脑低级别胶质瘤HNSC Head and Neck squamous cell carcinoma

HNSC 头颈部鳞癌KICH Kidney Chromophobe

KICH 肾嫌色细胞癌KIRC Kidney renal clear cell carcinoma

KIRC 肾透明细胞癌KIRP Kidney renal papillary cell carcinoma

KIRP 乳头状肾细胞癌LAML Acute Myeloid Leukemia

LAML 骨髓癌LGG Brain Lower Grade Glioma

LIHC 肝癌LIHC Liver hepatocellular carcinoma

LUAD 肺腺癌LUAD Lung adenocarcinoma

LUSC 肺鳞状细胞癌LUSC Lung squamous cell carcinoma

MESO 胸膜癌MESO Mesothelioma

OV 卵巢癌OV Ovarian serous cystadenocarcinoma

PAAD 胰腺癌PAAD Pancreatic adenocarcinoma

PCPG 肾上腺癌PCPG Pheochromocytoma and Paraganglioma

PRAD 前列腺癌PRAD Prostate adenocarcinoma

READ 直肠癌READ Rectum adenocarcinoma

SARC 软组织癌SARC Sarcoma

SKCM 皮肤癌SKCM Skin Cutaneous Melanoma

STAD 胃癌STAD Stomach adenocarcinoma

TGCT 睾丸癌TGCT Testicular Germ Cell Tumors

THCA 甲状腺癌THCA Thyroid carcinoma

THYM 胸腺癌THYM Thymoma

UCEC 子宫内膜癌UCEC Uterine Corpus Endometrial Carcinoma

UCS 子宫癌UCS Uterine Carcinosarcoma

UVM 眼癌UVM Uveal Melanoma

TCGA数据库样本命名规则

Project, 所有TCGA样本名均以这个开头，标志；

Tissue source site（TSS），组织来源编码，代表的意义详见：

https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/tissue-source-site-codes

Sample, 这两个数字可以说是最关键，其中编号01~09表示肿瘤，10~19表示正常对照，详见：

https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes

Vial，代表样本的组织类型，绝大多数样本该位置编码都是A，表示冰冻组织; 很少数的是B，表示福尔马林固定石蜡包埋组织，但其已被证明用于测序分析的效果不佳（严重的RNA降解)。

Portion, 同属于一个患者组织的不同部分的顺序编号；

Analyte, 分析的分子类型；

Plate, 在一系列96孔板中的顺序，值大表示制板越晚；

Center, 测序或鉴定中心编码，更多编码详见：

https://tcga-data.nci.nih.gov/datareports/codeTablesReport.htm?codeTable=center

是否死亡区分

死亡：1，生存：0