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【生信技能】新版TCGA数据库运行perl脚本load_file:找不到指定的模块如何处理

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新版TCGA数据库运行perl脚本load_file:找不到指定的模块如何处理

近期有学员反馈说运行新版TCGA数据库merge.pl遇到缺少指定的模块问题,以及之前有遇到运行moveFiles.pl、merge.pl、symbol.pl、getClinical.pl等代码缺少perl包的问题。
一般的错误界面是这样的:

1.jpg

还有这样的

2.jpg

在cmd终端输入“perl -v“   (这里是perl中间空格然后-v,很多人输错),显示的是其他版本,比如5.28ActivePerl,有些是官网最新的5.32版

3.jpg

处理方法:必须卸载之前的perl软件,重启电脑,然后必须安装草莓版perl 5.30.0,只能是win系统

处理方法:必须卸载之前的perl软件,重启电脑,然后必须安装草莓版perl 5.30.0,只能是win系统

处理方法:必须卸载之前的perl软件,重启电脑,然后必须安装草莓版perl 5.30.0,只能是win系统

1、右键电脑“开始”菜单找到-“设置”,找到“应用”,在应用列表找到所有已经安装了的perl软件,卸载掉,这里要注意,必须要先卸载,直接安装是没用的,直接安装输入“perl -v”显示的还是之前的版本,卸载之后建议重启下电脑

4.jpg

2、下载这个5.30.0草莓版perl,这个也可以从官网下载。

网盘地址:
链接:https://pan.baidu.com/s/1QIvxSnO-Eh-u2bw8L3ibmg
提取码:ovhn

Perl官网下载地址:https://strawberryperl.com/releases.html

下载好之后安装,perl要安装在默认的C盘
安装好之后在cmd界面输入“perl -v”,现在是5.30.0说明安装好了,可以输入命令去执行,就不会出现报错的界面了。

微信截图_20220904100531.png

学习心得

作为一名科研工作者,时时刻刻都在和时间赛跑。吾必须时时刻苦钻研科研,掌握现代科研的知识和技能。愿在未来,不忘初心,牢记使命。只争朝夕,不负韶华,为成为一名优秀的科研工作者而努力,努力践行科学发展观,认真学习科学发展观努力做好本职工作。

科学技术是人类社会发展的原动力。要将“做科研”培养成为一种兴趣,将实践和科研思维结合进行科学创新,才能真正推进科技进步。要如何做研究?--从实践中发现问题;运用知识储备提出问题;依赖先进的技术研究问题;最终的研究成果,要不忘初心,应用于解决实践中的问题上。

读书学习之道,看似无边无际,不知何去何从,倘若勤奋刻苦,书山自有石经,学海岂无彼岸。故不积跬步,无以至千里;不积小流,无以成江海。作为科研工作者,吾应发奋图强,刻苦学习!方能在科研方面更进一步!

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