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【生信技能】使用SVM-RFE时需要注意的那些坑

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此内容仅用于个人学习和研究

最近小云在学习做免疫细胞鉴定时,遇到了些问题,困扰了许久,浪费了不少时间,今天小云就来分享分享做免疫细胞鉴定分析是遇到的那些坑,跟随小云一起来看看吧。

01

文件格式问题

首先是分组信息,要注意文件的格式,假设我们使用的是制表符分割的.tx文件,那么我们在保存时就要注意unicode文本的bxt,由于都是txt文件稍微不小心就会混淆,所以小云在这里提醒大家注意。有时不知道是不是制表符分割的文本文件,这里小云给大家教一个方法去辨别制表符分割的txt和unicode文本的.txt文件。


这里小云准备了两个文件group_test1xt是unicode文本文件, group_test2.txt是制表符分割的文本文件,首先我们用记事本打开这两个文件,结果文件打开后发现内容都一样,看不到格式。

1.png


为此小云用Rstudo导入了这两个数据,group_test1txt导入的时候是一个是无tab分割分文本,数据未显示,同时也就说明group_test1txt不是tab分割文本文件;另一个group_test2txt文件在导入时有tab分割的格式,即为的tab分割文本文件,结果就很明显了。

2.png


02

注意运行参数

小云在这里运行的样本个数是28个,使用命令运行成功,但是结果中却不是28个样本图。

3.png


为此,小云特地去查看了脚本,发现参数默认是20个,而要想得到28个样本的svm分析图谱,就需要修改下参数,即 featsweep =lapply(1:20 FeatSweep.wrap,results,input)中的20修改为28,保存脚本然后重新运行,结果如下图。

4.png

以上就是小云的分享,希望小云的分享可以帮助到大家。

来源:云生信学生物信息学

学习心得

作为一名科研工作者,时时刻刻都在和时间赛跑。吾必须时时刻苦钻研科研,掌握现代科研的知识和技能。愿在未来,不忘初心,牢记使命。只争朝夕,不负韶华,为成为一名优秀的科研工作者而努力,努力践行科学发展观,认真学习科学发展观努力做好本职工作。

科学技术是人类社会发展的原动力。要将“做科研”培养成为一种兴趣,将实践和科研思维结合进行科学创新,才能真正推进科技进步。要如何做研究?--从实践中发现问题;运用知识储备提出问题;依赖先进的技术研究问题;最终的研究成果,要不忘初心,应用于解决实践中的问题上。

读书学习之道,看似无边无际,不知何去何从,倘若勤奋刻苦,书山自有石经,学海岂无彼岸。故不积跬步,无以至千里;不积小流,无以成江海。作为科研工作者,吾应发奋图强,刻苦学习!方能在科研方面更进一步!

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