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【生信知识】临床研究专题 | 一文读懂4种机器学习算法教你如何筛选Biomarker

背景介绍临床生物标志物的筛选及诊断panel优化构建是临床应用转化前期基础，如何高效从海量的代谢组学数据中获得高灵敏、高稳定、高准确率的潜在生物标志物，是标志物筛选所面临的主要挑战之一。常规的单维统计学检验方法（如T检验、非参数检验等）和多维统计学分析方法（PLS-DA、OPLS_DA等）在标志物筛选中受方法本身的限制...

基础知识
2022-07-04
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【生信知识】临床研究专题 | 验证必备，4步操作验证你的Biomarker找对了吗？

前言Biomarker筛选的最终目的是应用于临床，辅助疾病的诊断或者预后的监测，因此，在筛选到潜在biomarker以后，需要对其敏感性、特异性、准确度等其他性能进行一系列的评估或验证，以最终判定该标志物的实际使用效能。本篇内容将为大家介绍几种常见的代谢标志物性能鉴定方法。代谢biomarker研究一本通ROC分析ROC曲线（Recei...

基础知识
2022-07-04
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【生信技能】RStudio中出现中文乱码问题的解决方案

解决步骤：1、设置RStudio文本显示的默认编码：RStudio菜单栏的Tools -> Global Options2、选择General -> Default Text Encoding，点击Change：3、在弹出的编码中，选择UTF-8编码。4、点击OK，然后再点击OK，保存设置。5、最后，在打开文件的时候，选择File -> Reopen with encoding菜单，选择我们使用UTF-8编码打...

实用技能
2022-06-23
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【问答】如何退出账号登录，重新登录？

1.拉到该页面最下面，点击最右下角的“登录”2.进入个人中心，点击“个人中心”-“退出登录”3.退出登录后，重新登录账号密码（要用我给你的特殊账号和密码）。...

问答说明
2022-05-30
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【生信知识】TCGA癌症类型简写术语中英文对照-样本命名规则和区分是否死亡

TCGA数据库样本命名规则：Project, 所有TCGA样本名均以这个开头，标志；Tissue source site（TSS），组织来源编码，代表的意义详见：https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/tissue-source-site-codesSample, 这两个数字可以说是最关键，其中编号01~09表示肿瘤，10~19表示正常对照，详见：https://g...

基础知识
2022-05-25
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【说明】大黄蜂播放器使用说明（加密视频课程）

【说明】课程中后缀为vep的视频课程是加密文件，需要用专用播放器打开，所有平台都支持播放，下面是大黄蜂播放器使用方法，记得细观看哦！【使用】1.下载后缀为vep的课程，建议下载到电脑。2.下载对应的大黄蜂播放器，并安装。大黄蜂播放器下载链接：https://www.360dhf.cn/dhfplayer/3.在播放器界面绑定网校输入：飞猪教育...

问答说明
2022-05-23
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【生信技能】新版TCGA数据库运行perl脚本load_file:找不到指定的模块如何处理

运行perl脚本load_file:找不到指定的模块如何处理运行perl脚本load_file:找不到指定的模块如何处理近期有学员反馈说运行merge.pl遇到缺少指定的模块问题，以及之前有遇到运行moveFiles.pl、merge.pl、symbol.pl、getClinical.pl等代码缺少perl包的问题。这里顺便提醒一下，TCGA改版之后，TCGA下载数据页面只有STRA-Counts，...