实用技能-生信科研网

【生信技能】药物敏感性pRRophetic安装和运行失败的解决方法

pRRophetic安装失败的解决方法pRRophetic要本地安装，命令安装经常失败。安装方法如下：1.首先安装依赖包，命令如下：if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install(c("car", "ridge", "preproc...

实用技能
2022-09-07
0
生信科研网

【生信技能】基因分型Cluster：ConsensusClusterPlus包进行聚类分析

#聚类maxK=9results=ConsensusClusterPlus(data, maxK=maxK, reps=50, pItem=0.8, pFeature=1,...

实用技能
2022-08-10
0
生信科研网

【生信技能】R语言R软件如何更新升级？

使用R语言的tune包做超参数调优时，提示没有安装这个包。很自然地，先安装这个R包，安装过程报错，提示无法安装。因为目前的R版本太低，不支持。至少需要R3.6.3。于是乎，寻找有效更新R版本的解决方案。对于Win10系统，可以采用下面的方法，做R版本的更新。第一步：打开RGui，安装installr包。install.packages('instal...

实用技能
2022-08-10
0
生信科研网

【生信技能】RStudio中出现中文乱码问题的解决方案

解决步骤：1、设置RStudio文本显示的默认编码：RStudio菜单栏的Tools -> Global Options2、选择General -> Default Text Encoding，点击Change：3、在弹出的编码中，选择UTF-8编码。4、点击OK，然后再点击OK，保存设置。5、最后，在打开文件的时候，选择File -> Reopen with encoding菜单，选择我们使用UTF-8编码打...

实用技能
2022-06-23
0
生信科研网

【生信技能】新版TCGA数据库运行perl脚本load_file:找不到指定的模块如何处理

运行perl脚本load_file:找不到指定的模块如何处理运行perl脚本load_file:找不到指定的模块如何处理近期有学员反馈说运行merge.pl遇到缺少指定的模块问题，以及之前有遇到运行moveFiles.pl、merge.pl、symbol.pl、getClinical.pl等代码缺少perl包的问题。这里顺便提醒一下，TCGA改版之后，TCGA下载数据页面只有STRA-Counts，...

实用技能
2022-04-11
0
生信科研网

【生信技能】cytoscape导入数据报错如何处理

cytoscape导入数据报错如何处理原因：当导入的输入文件有特殊字符，或者节点名称太长的时候处理方法：把特殊字符的节点、名称太长的节点自定义缩写，再导入，当然缩写的名称需要保存一个附件。...

实用技能
2022-04-11
0
生信科研网

【生信技能】纠正后的Perl脚本为什么运行出错？

明明找老板纠正了Perl脚本，为什么运行我的数据时就出错了呢？一、首先判断是不是Perl脚本的问题？判断方法如下：下载视频配套的数据，然后用老板提供的纠正的perl脚本运行测试，注意：一定要用视频配套的数据测试，不要随意动数据格式。情况一：如果视频配套的数据+纠正的perl脚本运行不正确，继续找老板纠错修改perl脚本。...