基础知识-生信科研网

【生信知识】肠道菌群/肠道微生物中英文对照

AAbiotrophia乏养菌属/贫养菌属Acetobacteraceae醋杆菌科Acetobacter醋杆菌属Acholeplasma无胆甾原体属Achromobacter无色杆菌属Acidaminococcaceae氨基酸球菌科Acidaminococcus氨基酸球菌属Acidipropionibacterium产丙酸杆菌属Acidovorax食酸菌属Acinetobacter不动杆菌属Actinobacillus放线杆菌属Actinobaculum放线棒菌属Ac...

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2023-11-09
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【基础知识】文献计量学-科学知识图谱之Bibliometrix、VOS viewer、Cite Space

加载安装好的bibliometrixlibrary("bibliometrix")2BiblioShinyApp的使用2.1导入官方示例#导入bibliometrix包library("bibliometrix")#打开shiny app界面，会通过默认浏览器弹出网页biblioshiny()...

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2023-09-07
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【生信知识】简单认识G E O数据库-基本介绍+简写说明

GEO数据库中储存的数据有芯片、二代测序以及其他高通量测序数据。使用这个数据库，可以检索到其他研究者上传的一些实验测序数据。通过一个实例来了解GEO数据库。我们以GSE70493为例来熟悉GEO数据库，在GEO数据库中搜索GSE70493，得到数据情况如下：Status：是指数据状态是公开的，时间是2015年8月3日Title：是指数据集所在的...

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2022-10-13
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【生信知识】R O C曲线介绍（基本概念和结果解读）

第一篇文章：ROC曲线套路全解析但凡涉及到诊断学的研究或者预后评估，都会用到receiver operating curve（简称 ROC），可以说这是一个入门级的数据分析工具。很多人对这个入门级的工具都一知半解，在研究中错误地解读数据，甚至得到荒唐的结论。下面我们一起看看ROC的几个基本概念：1、y轴是敏感度（sensitivity），可以理解...

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2022-08-20
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【生信知识】Pearson、Spearman、Kendall、Polychoric、Polyserial相关性检验相关系数简介及R计算

Pearson相关用于检验两个数值变量的相关性，应用条件为两变量均符合正态分布，否则需要采用Spearman相关。除此之外，Spearman相关还可以用于检验两个等级变量的相关性。对于给定数据集中，变量之间的关联程度以及关系的方向，常通过相关系数衡量。就关系的强度而言，相关系数的值在+1和-1之间变化，值±1表示变量之间存在完...

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2022-08-20
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【生信知识】临床研究专题 | 一文读懂4种机器学习算法教你如何筛选Biomarker

背景介绍临床生物标志物的筛选及诊断panel优化构建是临床应用转化前期基础，如何高效从海量的代谢组学数据中获得高灵敏、高稳定、高准确率的潜在生物标志物，是标志物筛选所面临的主要挑战之一。常规的单维统计学检验方法（如T检验、非参数检验等）和多维统计学分析方法（PLS-DA、OPLS_DA等）在标志物筛选中受方法本身的限制...

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2022-07-04
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【生信知识】临床研究专题 | 验证必备，4步操作验证你的Biomarker找对了吗？

前言Biomarker筛选的最终目的是应用于临床，辅助疾病的诊断或者预后的监测，因此，在筛选到潜在biomarker以后，需要对其敏感性、特异性、准确度等其他性能进行一系列的评估或验证，以最终判定该标志物的实际使用效能。本篇内容将为大家介绍几种常见的代谢标志物性能鉴定方法。代谢biomarker研究一本通ROC分析ROC曲线（Recei...

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2022-07-04
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【生信知识】TCGA癌症类型简写术语中英文对照-样本命名规则和区分是否死亡

TCGA数据库样本命名规则：Project, 所有TCGA样本名均以这个开头，标志；Tissue source site（TSS），组织来源编码，代表的意义详见：https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/tissue-source-site-codesSample, 这两个数字可以说是最关键，其中编号01~09表示肿瘤，10~19表示正常对照，详见：https://g...

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2022-05-25
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【生信知识】中药复方网络药理学与分子对接实操常见问题答疑

1.TCMSP数据库没有相关成分怎么办？答：可以从其他数据库获取成分靶点，比如ETCM、Symmap、YaTCM、TCMIP数据库，或者查找最新文献补充。2.从其他数据库获取的化学成分没有MOLID怎么办？答：MOLID只是这个化学成分在TCMSP里的代号，你可以自己给它编写一个，或者全部成分统一编码，比如M1、M2、M3........。3.筛选活性成分时...